Nach der automatischen Verteilung von Office 365 über Intune werden die Benutzer beim ersten Start von Office (an jedem Computer) gefragt, welches Format Office als Standard verwenden soll.

Um das zu umgehen, kann man einen Registry Key über die Gruppenrichtlinien (Group Policy Preferences) verteilen:

HKCU\Software\Microsoft\Office\16.0\Common\General\ShownFileFmtPrompt

Dies ist eine Benutzereinstellung und muss daher auch unter „Benutzerkonfiguration“ erfasst und einer OU mit Benutzern zugewiesen werden.

Nachtrag
Um den Registrierungseintrag über Intune zu verteilen, muss man im Moment ein entsprechendes PowerShell Skript verteilen. Ich habe folgendes benutzt:

$registryPath = "HKCU:\Software\Microsoft\Office\16.0\Common\General"
$Name = "ShownFileFmtPrompt"
$value = "1"
IF(!(Test-Path $registryPath))
    {
    New-Item -Path $registryPath -Force | Out-Null
    New-ItemProperty -Path $registryPath -Name $Name -Value $value -PropertyType DWORD -Force | Out-Null}
ELSE {
    New-ItemProperty -Path $registryPath -Name $Name -Value $value -PropertyType DWORD -Force | Out-Null}

Wichtig ist, dass das Skript im Kontext des Benutzers ausgeführt wird.